¿Puedo hacer  el dibujo y viñetas a mano y luego poner tramas en photoshop?
R: Por supuesto, tal y como lo dice la pregunta es así como yo trabajo:
1.- Comienzo haciendo mi story board a lápiz
2.- Realizo las viñetas y el dibujo a mano y entinto
3.- Escaneo
4.- Edición con Photoshop

La edición puede llegar a ser un proceso bastante complejo dependiendo de tus necesidades y tus habilidades con los programas de edición, en lo personal yo realizo este proceso en 3 etapas generales:

    Limpieza: Se borran las manchas y errores del escaneo, se modifica el contraste y el brillo de la imagen escaneada.


    Dibujo digital: Se dibujan las lineas para las viñetas guiándote de las que se dibujan a mano, se ponen tramas, degradados y efectos.

    Texto: Se agregan los diálogos y algunas onomatopeyas.


¿Como hacer detalles a mano que queden bien en el escaneo?
R: Yo dibujo casi todos los detalles a mano, texturas como: rocas, arena, madera, etc., pero algunas veces es bueno apoyarse con algunas tramas que ayudan a conseguir texturas mas realistas. Para que los detalles queden bien en el escaneo debemos utilizar un estilografo o plumilla (lo que sea que utilicemos para entintar) con punta fina, y tratar de tener un trazado uniforme y limpio.

¿Como borrar errores después de escanear?
R: Podemos borrar nuestros errores en el proceso de edición, mientras hacemos la limpieza de nuestra imagen, podemos corregir alguna línea que no nos guste, simplemente usando el borrador de photoshop y corregir con los pinceles, solo ajustamos el grosor del pincel al tamaño del grosor del trazo que queremos corregir

Les dejo un tutorial de como realizo la edición de mi manga con photoshop. 

Mas informacion:
[ http://www.sutorimanga.com/ ]